Para realizar la identificación sistemática de un compuesto orgánico determinado, es indispensable iniciar el análisis identificando cada uno de los elementos que lo conforman; para lograr este objetivo es necesario romper los enlaces covalentes mediante una fusión alcalina para obtenerlos en forma iónica. Los elementos que se encuentran en las sustancias orgánicas son generalmente los encontrados en los seres vivos (C, H, O, N, S, P Cl, Br, I). Para el reconocimiento de alguno de estos elementos y otros como azufre, nitrógeno, fósforo ó algún halógeno, es necesario someter al compuesto orgánico a una combustión en presencia de un metal alcalino como sodio o potasio, mediante la cual estos elementos se transforman en iones fácilmente identificables. 

Para continuar la identificación sistemática del compuesto orgánico es necesario realizar pruebas de solubilidad, para lo cual se disuelve el compuesto sólido o líquido en soluciones específicas (H2O, NaOH diluido, NaHSO3 diluido, HCl diluido y H2SO4 concentrado). El comportamiento de solubilidad de la sustancia orgánica da una orientación del tipo de compuesto que se está analizando; por ejemplo según su solubilidad se puede clasificar un compuesto como ácido, básico o neutro. 

Un tercer paso es la aplicación de las pruebas de clasificación de grupos funcionales. Se sugiere que una forma de iniciar la parte experimental es que al mismo tiempo que se efectúa una prueba con la sustancia desconocida, deberá realizarse una prueba control con alguno de los compuestos sugeridos en la literatura para cada prueba. Así, será posible hacer comparaciones directas e inmediatas entre los resultados de los experimentos sobre los compuestos conocidos y el desconocido. Es importante tener en cuenta las siguientes observaciones en las pruebas de clasificación: 1) observar cómo se manifiestan las pruebas positivas o negativas, puede haber interpretaciones erróneas 2) excluir la presencia de algunos grupos funcionales y 3) es preferible no ensayar todos los reactivos sobre cada sustancia desconocida ya que puede ocasionar serias confusiones. 

Al terminar con las pruebas de clasificación, se reúne y clasifica toda la información recabada sobre el compuesto orgánico problema (punto de ebullición o de fusión, comportamiento en la ignición, solubilidad y pruebas de clasificación). A partir de estos datos y de las propiedades físicas del compuesto (color, estado físico, olor), generalmente es posible obtener indicios acerca del tipo de grupos funcionales que puedan estar presentes en el compuesto problema. 

Finalmente, el último paso en la identificación, es la búsqueda de información específica concerniente a la presencia o ausencia de grupos funcionales comunes. Para este propósito deben seleccionarse algunos reactivos de clasificación. Algunos de estos reactivos son específicos para un grupo funcional en particular, ya que cada prueba que se desarrolle en esta práctica posee determinadas limitaciones. 

Es importante tener en cuenta que por acuerdo institucional. “Toda UEA que contemple en su programa de estudios actividades experimentales (prácticas de laboratorio) deberá contar con un manual de prácticas. En éste se señalarán los objetivos, la programación de las actividades, la relación de los equipos, materiales y artículos consumibles que serán utilizados, así como la disponibilidad de los mismos. Además, se incluirá información explícita acerca de las medidas de seguridad y, en su caso, las concernientes a la disposición de residuos o desechos que deberán observarse de acuerdo con las indicaciones de los profesores asignados. En este Manual, los ensayos son a la gota, por lo que se trabajará con cantidades de reactivos del orden de mg o mL por lo que los residuos provenientes de las prácticas serán mínimos; los residuos orgánicos serán depositados en contenedores de plástico habilitados ex profeso y los acuosos serán lavados con agua de la llave. 

Se considera que es importante resaltar que en el presente Manual se presentan las prácticas del curso de Análisis Funcional Orgánico, teniendo como directrices para su elaboración: 1) La experiencia obtenida por los Profesores en la impartición de ésta UEA durante todo el tiempo que estuvo como UEA obligatoria en la Licenciatura de Ingeniería Bioquímica industrial y 2) La vinculación de las prácticas propuestas con el contenido sintético del programa de estudios.